Blender nació como un conjunto de herramientas de software para animación 3D desarrollado para la producción in-house de la firma holandesa de animación NeoGeo.
En 1998 se estableció la firma Not a Number, conocida como NaN, cuyo objetivo era continuar el desarrollo y mercadeo de Blender. La estrategia de NaN estaba basada en la idea de distribuir, de forma gratuita, el sistema básico de animación e implementar un modelo de negocios basado en la venta de servicios y productos adicionales, orientados a quienes usaran Blender para aplicaciones comerciales.
A pesar de obtener un éxito rotundo en su "presentación en sociedad" durante Siggraph 2000, los resultados comerciales no fueron muy afortunados y en abril de 2001 NaN tuvo que reducirse drásticamente y empezar a operar con un nuevo grupo de inversionistas. Seis meses después, NaN lanzó Blender Publisher, su primer producto comercial, el cual estaba orientado básicamente a la producción de entornos 3D interactivos para aplicaciones basadas en el web.
Poco tiempo después, la escasa respuesta del mercado llevó a la nueva administración de NaN a cerrar la firma y suspender indefinidamente el desarrollo de Blender. Entonces, Ton Roosendaal, el creador original del paquete, decidió establecer una organización sin ánimo de lucro cuyo objeto inicial era tratar de impedir la desaparición del producto.
En julio de 2002, la Fundación Blender empezó la campaña "Free Blender", que pretendía recaudar a través del web la cantidad de €100.000 para comprar a los propietarios de NaN los derechos sobre el código fuente de Blender y así poder convertirlo en un proyecto open source. Para sorpresa de muchos, la campaña logró conseguir esta cantidad en sólo siete semanas, y en octubre 13 de 2002 Blender fue entregado a la comunidad de internet bajo los términos de la licencia pública general GNU (ver http://es.gnu.org/Licencias/fdles.html).
Tras lograr convertir a Blender en una pieza de software libre, la fundación se ha dedicado a coordinar los esfuerzos de los equipos de voluntarios que siguen contribuyendo al desarrollo del paquete y a brindar soporte a las compañías que ya empiezan a desarrollar módulos para aplicaciones especiales, como captura de movimiento, desarrollo de juegos y aplicaciones de realidad virtual.
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